Protože Tomato Brown Rugose Fruit Virus infikuje rostliny rajčat a pepřů po celém světě, osivářské společnosti pracují na chovu odolných rajčat.
Chovatelé rajčat měli k dispozici bohaté genetické a genomové zdroje ještě před zahájením projektů genomového sekvenování rajčat. Velké sbírky rajčatových zárodečných plazmat jsou již dlouho založeny na několika místech. V genových bankách po celém světě je zachováno více než 75,000 XNUMX přistoupení rajčat. Jednou z největších je genová banka USDA v Ženevě, NY.
Sekvenování genomu rajčat bylo zahájeno v roce 2005 jako nadnárodní úsilí mezi 14 zeměmi a dokončeno v roce 2012. Tyto snahy byly výrazně urychleny aplikací umělé inteligence, strojového učení a pokročilých algoritmů k analýze velkého množství genetických a fenotypových dat.
Rajčatový pan-genom
Vědci z institutu Boyce Thompson v roce 2020 vytvořili vysoce kvalitní referenční genom pro divoká rajčata, aby vytvořili úplnější a užitečnější rajský pan-genom. Objevili části genomu, které jsou základem ovocné chuti, velikosti a zrání, odolnosti vůči stresu a odolnosti vůči chorobám. Částečně díky špičkovým technologiím sekvenování, které dokážou číst velmi dlouhé kusy DNA, je referenční genom úplnější a přesnější než stávající databáze.
Starší technologie sekvenování, které čtou kratší kusy DNA, identifikují mutace na úrovni jedné báze. Nejsou však dobří při hledání strukturálních variant, jako jsou inzerce, delece, inverze nebo duplikace velkých kusů DNA.
V roce 2019 mezinárodní skupina výzkumníků zkonstruovala rajče pan-genom pomocí genomových sekvencí ze 725 fylogeneticky a geograficky reprezentativních odrůd. Tato databáze obsahuje 4,873 XNUMX genů, které nebyly nalezeny v původním referenčním genomu. Analýzy přítomnosti/nepřítomnosti odhalily podstatnou ztrátu genů a intenzivní negativní výběr genů a promotorů během domestikace a vylepšení rajčat.
Přečtěte si celý článek na www.seedworld.com.